Yeni Malatyaspor, 1986 yılında Malatya Belediyespor adıyla kurulmuştur. İlk renkleri turuncu-yeşil olarak kabul edilmiştir ve amatör kümeden 2 sezon içinde 2. Lig'e yükselerek büyük başarı elde etmiştir.

Yeni Malatyaspor, 1999-2000 sezonunda 2. Lig'de grubunda sonuncu olup 3. Lig'e düşmüş, 2000-2001 sezonunda da 3. Lig'den Amatör Lig'e düşmüştür. 2006-2007 sezonunda Amatör Lig'den 3. Lig'e çıkan Malatya Belediyespor 2007-2008 de 3. Lig 1. Grup'ta averajla 2. olmuş ve 2. Lig'de oynamaya hak kazanmıştır. Aynı sezon, küme düşerek 3. Lig'e düşmüştür. 2009-2010 sezonunda Play-offlarla tekrar ikinci lige çıkan Malatya Belediyespor ismini Yeni Malatyaspor olarak değiştirmiştir.

12 Mayıs 2012 tarihinde yapılan kongre ile takımın renkleri sarı-kırmızı olmuştur ve isim de Malatyaspor Futbol Kulübü'ne dönüştürülmüştür. Ancak UEFA kriterlerine uymaması nedeniyle isim değişikliği TFF tarafından onaylanamamıştır ve bu nedenle Yeni Malatyaspor adıyla devam etmesine karar verilmiştir. Öte yandan kulübün resmi sitesinde belirtiliği üzere resmi renkleri sarı-siyah, üçüncü rengi kırmızı olarak beyan edilmiştir.

Yeni Malatyaspor, 2014-2015 sezonunda TFF 2. Lig Beyaz Grubu şampiyon olarak tamamlamıştır ve tarihinde ilk kez 1. Lig'e yükselmiştir. 2015-2016 sezonunda ilk yabancı transferini yaparak Sunday Mba'yı kadrosuna katmıştır.

2016-2017 sezonunda 1. Lig'i ikinci sırada bitiren Yeni Malatyaspor, Süper Lig'e yükselmiştir.