Bölüm 1
Yayın Tarihi: 29 Ağustos 2005
Michael Scofield internet vasıtasıyla bir bankayı soyar ve polislerin gelerek kendisini almasını bekler. Savunma avukatı Veronica Donovan’ın bütün çabalarına karşın Michael soygunla ilgili herhangi bir açıklama yapmaz. Yargıç, Michael’ı Wallens Ridge Eyalet Hapishanesi’ne gönderecektir. Michael’ın bütün amacı masum olduğu halde tuzağa düşürülerek idama mahkûm edilen abisinin cezaevinden firar etmesine yardımcı olmaktır.
Bölüm 2
Yayın Tarihi: 29 Ağustos 2005
Hapishanede ırkçı gerilim içten içe kaynamaktayken, Veronica, Lincoln’un davasını araştırmaya devam etmektedir. Bu arada Sara, Michael’ı diabet testine çağırır. Michael, C-Note’dan kan şekerini kontrol etmesini sağlayacak hapları tedarik etmesini ister. Testin pozitif sonuç vermesini sağlayarak kaçış planı için açık bir kapı bırakmayı düşünmektedir
Bölüm 3
Yayın Tarihi: 05 Eylül 2005
Michael, Abruzzi ve Sucre’yi kaçış planına dahil etme konusunda sorunlar yaşamaktadır. Leticia’nın ifadesine başvuran Veronica daha sonra kadını kaybedecektir. Lincoln ise aile üyelerinin idamında olup olmayacakları konusunda düşüncelidir.
Bölüm 4
Yayın Tarihi: 12 Eylül 2005
Kendini elektrikli sandalyeye doğru yürürken gördüğü kabusundan ter içinde uyanan Lincoln, idamına bir aydan az bir süre kaldığını fark eder. Michael kaçışı için kullanabileceği bazı aşındırıcı kimyasallar edinmiştir. Veronica ise araştırmasında bir hayli yol kat eder. Bu sırada Michael’a dövmesinin anlamını soran Haywire’ın içinde genç adamın soruyu geçiştirmesi üzerine rahatsızlık veren bir merak uyanır.
Bölüm 5
Yayın Tarihi: 19 Eylül 2005
Kellerman ve Hale, Michael’ın transfer edilmesini sağlamaya çalışmaktadır. Pope’un kendisine transfer edileceğini söylemesi üzerine bir an için afallayan Michael, hızlı düşünerek Lincoln’un kardeşi olduğunu itiraf eder ve en azından idama kadar beklemelerini ister. Michael planının ilk kısmını devreye soktuğunda Lincoln, tam artık umut etmekten vazgeçmişken kendisini tekrar heveslendirdiği için kardeşini azarlar. Bu arada Veronica ve Nick, Lincoln’u aklayacak bir video kaseti üzerinde çalışmaktadır.
Bölüm 6
Yayın Tarihi: 26 Eylül 2005
Michael'ın biraz daha fazla zaman kazanmak amacıyla yaptığı hücre bloğunu kapama eylemi, beklemediği bir şekilde büyür ve bütün hapishaneyi içine alan tam teşekküllü bir ayaklanmaya dönüşür. Nick, Veronica'yı kendisine gerçekten yardımcı olmak istediği konusunda ikna etmeye çalışmaktadır. Diğer yandan Kellerman, Lincoln'u öldürmesi için mahkûmlardan birine para öder.
Bölüm 7
Yayın Tarihi: 03 Ekim 2005
Hapishanedeki ayaklanma sırasında Michael, Sara'yı zorlukla Stroker'ın elinden kurtarır. Bu sırada Bellick, Pope'a valiyle konuşması için meydan okumaktadır. Veronica ve Nick ise köstebeğin açtığı telefonu takip etmek için Washington D.C.'ye uçar.
Bölüm 8
Yayın Tarihi: 24 Ekim 2005
Michael, içinde gardiyanların mola odasının bulunduğu bir binaya tünel kazmanın yollarını düşünmektedir. Kellerman ve Hale, Veronica ve LJ'i öldürmeye kalkışır. Diğer tarafta T-Bag, Bob'un cinayetinden sorumlu olmadığını iddia etmektedir. Ancak bir sorumlu bulunmalıdır.
Bölüm 9
Yayın Tarihi: 31 Ekim 2005
T-Bag kölelerinden biri Cherry'i kaybeder ve hemen ardından bir başkasına, yeni hedefi olan Tweener'a yönelir. Kellerman ve Hale geçen bölümde kaçmayı başaran LJ'i takip etmeyi sürdürür. Bu sırada LJ yardım istemek için Veronica'ya ulaşmaya çalışmaktadır. Abruzzi'nin, gangsterlerin taleplerine karşılık vermekteki yetersizliği bütün kaçış planını risk etmektedir.
Bölüm 10
Yayın Tarihi: 07 Kasım 2005
Çalışma takımının kontrolünü yeniden ele geçirebilmek ve kaçış şanslarını arttırabilmek için Abruzzi, Michael’ı, Falzone’a Fibonacci’yi nerede bulabileceğini söylemesi konusunda ikna eder. Diğer taraftan Nick ve Veronica, Steadman’in parasının nereye kaybolduğunu merak ederken; başkan yardımcısı, Kellerman ve Hale’in yerine geçmesi için FBI’dan eski bir arkadaşını getirir.
Bölüm 11
Yayın Tarihi: 14 Kasım 2005
Quinn; Nick, Veronica ve LJ’yi tehdit eder. Michael, gruplarının kaçışını tamamlamak için ne kadar zamana ihtiyaçları olduğunu gösteren bir makina yapar. Ve en sonunda Westmoreland de kaçış takımına katılmayı kabul eder.
Bölüm 12
Yayın Tarihi: 21 Kasım 2005
Lincoln’ün plan gereği birisinin geride kalması gerektiği konusunda Michael’ı uyarması üzerine, topluluk içindeki gerginlik artacaktır. Michael ise revire ulaşma planında büyük bir ilerleme kaydeder. Diğer taraftan Abruzzi, T-Bag’i gruptan ayrılmazsa öldürmekle tehdit eder.
Bölüm 13
Yayın Tarihi: 28 Kasım 2005
Lincoln’ün idam tarihi yaklaştığı için, Michael kaçış planını artık uygulamaya karar verir. Kellerman, Hale’i teselli etmektedir. Diğer taraftan Veronica basın aracılığıyla Lincoln’ün suçsuzluğunu ispatlayacak bir takım delilleri gözler önüne sermektedir.
Bölüm 14
Yayın Tarihi: 20 Mart 2006
Lincoln’un idamını engelleyebilmek için elektrikli sandalyeyi bozmaya çalışan Michael başarısız olur. Veronica ve Nick ise Terence Steadman’in cesedinin yeniden incelenmesi için mezarın açılması emrini çıkarttırmaya çalışmaktadır, ancak Lincoln için zaman azalmaktadır.
Bölüm 15
Yayın Tarihi: 27 Mart 2006
İdam sırasında babasını gördüğünü zanneden Lincoln, Terence Steadman’ın mezarının açılıp cesedin yeniden incelenmesi talebinin hakim tarafından onaylanması ile iki haftalık bir süre daha kazanır. Bu arada Michael da hapishanenin revirine çıkan yeni bir yol üzerinde çalışmaktadır.
Bölüm 16
Yayın Tarihi: 03 Nisan 2006
Dizinin bu bölümünde, geçmişe uzanılıyor; Michael, Lincoln, Sucre, C-Note, ve T-Bag’in Fox River Hapishanesi’ne nasıl geldiklerine göz atılıyor ve Sara’nın orada çalışmaya başladığı ilk günlere dönülüyor.
Bölüm 17
Yayın Tarihi: 10 Nisan 2006
Hücre hapsiyle cezalandırılan Michael orada tek başına umutsuzluğa kapılır. Gardiyanların odasındaki kaçış deliği ile ilgilenme görevi Sucre’a kalmıştır. Bu arada LJ nihayet Kellerman’ı bulur.
Bölüm 18
Yayın Tarihi: 17 Nisan 2006
Michael psikiyatri koğuşundayken, dövmesindeki eksik kısmı hatırlaması için Haywire’la görüşür. Bu arada diğerleri de, Bellick’in Michael ve Sucre’ın boşalmış olan hücrelerini açık arttırmaya çıkarmasını engellemeye çalışmaktadır.
Bölüm 19
Yayın Tarihi: 24 Nisan 2006
Michael revirin anahtarını ele geçirmek zorundadır, bunun için de eski bir tanıdığın yardımı gerekmektedir. Öte yandan Lincoln kendisini kaçıranın kimliğini nihayet öğrenir. Bu arada mahkûmlardan biri daha kaçış planından haberdar olunca işler iyice karışır.
Bölüm 20
Yayın Tarihi: 01 Mayıs 2006
Westmoreland, Michael’ın kaçış planını hızlandırmasını istemektedir. Planın ortaya çıkması an meselesidir. Öte yandan Michael, Sara’yı da plana karıştırıp karıştırmamak konusunda kararsız kalmıştır. Tweener’ın güvenilirliği ve sadakati test edilecektir. Bu arada Veronica kendisi ile işbirliği yapan kişinin Fox River hapishanesi mahkûmlarından biriyle bağlantısı olduğunu öğrenir.
Bölüm 21
Yayın Tarihi: 08 Mayıs 2006
Beklenen gece gelip çatmıştır. Yüksekteki teli kullanarak kaçmak için herkes artık hazırdır. Öte yandan Veronica ve Nick’in endişeleri vardır. Bu arada Ajan Kellerman, görüşme öncesi sakinleşmesi için başkan yardımcısı Reynolds’a yardım edecektir.