01 Ocak 1961 tarihinde Gümüşhane'nin Kürtün ilçesine bağlı Söğüteli Köyü'nde dünyaya gelen Ahmet Gündoğdu, ilköğrenimini köyünde, Erdemli İmam Hatip Lisesinde başladığı ortaöğrenimini Giresun İmam Hatip Lisesinde, lisans eğitimini Selçuk Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nde tamamladıktan sonra uzun yıllar Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi öğretmeni olarak çalıştı.
Gündoğdu, hem öğrencilik yıllarında hem de öğretmenlik yaparken Milli Gençlik Vakfı ve İstanbul Öğretmenler Vakfının faaliyetlerinde aktif sorumluluk üstlenerek sivil toplum çalışmalarında yer aldı. 1992 yılında, Eğitim-Bir-Sen ve Memur-Sen'in kurucu Genel Başkanı, Mescid-i Aksa şairi merhum Mehmet Akif İnan'dan aldığı mektupla Eğitim-Bir-Sen Bakırköy İlçe Teşkilatını kurarak sendikacılığa başladı.
Gündoğdu, Bakırköy ilçe başkanlığından sonra sırasıyla (1996-2002) İstanbul Şube Sekreterliği, Marmara Bölge Başkan Yardımcılığı, Genel Araştırma ve Dış İlişkiler Sekreterliği ve Genel Başkan Yardımcılığı görevlerinde bulundu. 22 Aralık 2002'de yapılan Eğitim-Bir-Sen 1. Olağanüstü Genel Kurulda Genel Başkanlığa seçilen Gündoğdu bu görevi ifa ederken 26-27 Nisan 2008'de yapılan Memur Sen 3. Olağan Genel Kurulu'nda Konfederasyon Genel Başkanlığı'na seçildi.
Ahmet Gündoğdu, Türkiye'nin en fazla üyeye sahip Kamu Görevlileri Sendikaları Konfederasyonu Başkanı sıfatıyla; "Ekonomik ve Sosyal Konsey", "Türkiye - Avrupa Birliği Karma İstişare Komitesi" ve "Yeni Anayasa" arayışları kapsamında, Türkiye'nin öncü ve çatı kuruluşlarının yer aldığı "Anayasa Platformu" üyeliği görevlerini de üstlendi.
Akademik sendikacılık anlayışıyla ve kurumsal liderlik paradigmasıyla 12 yıl Eğitim Bir-Sen ve 7 yıl Memur-Sen Genel Başkanlığı görevini yürüten Gündoğdu, 10.02.2015 tarihinde 7 Haziran 2015 tarihinde yapılacak olan TBMM 25. dönem milletvekilliği seçimlerinde aday olabilmek için görevlerinden istifa etti.
Gündoğdu, evli olup orta düzeyde Arapça ve İngilizce bilmektedir.
