Eskişehir'de doğan ve üniversite öğrenimine kadar Eskişehir'de yaşayan Emine Nur Günay, Eskişehir Anadolu Lisesi mezunudur. Boğaziçi Üniversitesi Ekonomi Bölümünden lisans ve yüksek lisans derecesini aldıktan sonra doktora çalışmaları için Amerika'ya gitmiştir.
Vanderbilt Üniversitesi'nden Ekonomi yüksek lisans ve doktora derecesini almıştır. 1995 yılında Boğaziçi Üniversitesi Uluslararası Ticaret Bölümü'nde öğretim üyesi olarak göreve başlayan Prof. Günay, bu görevini 2015 yılına kadar devam ettirmiştir. 2006 yılında Uluslararası İktisat ve Kalkınma İktisadı alanında doçentliğini almıştır. 2011 yılında Boğaziçi Üniversitesi İnovasyon ve Rekabet Odaklı Kalkınma Çalışmaları Araştırma Merkezini kurmuş ve 2015 yılına kadar kurucu müdürü olarak görev yapmıştır.
2007-2011 yıllar arasında TÜBİTAK Sosyal Bilimler Grup Yürütme Kurulu üyesi, 2008-2012 yılları arasında AB 7. Çerçeve Programı Sosyo-ekonomik ve Beşeri Bilimler Tematik alanında ülke delegesi olarak görev yapmıştır. Kasım 2014 yılında Başbakan ekonomi başdanışmanı olarak atanmıştır.
Prof. Dr. Emine Nur Günay'ın araştırma alanları arasında; piyasaların yapısı, işleyişi ve performansı; firmaların piyasa stratejileri, performansı ve etkin üretim yöntemleri; sektörel etkinlik analizleri ve Türk bankacılık sektörü; yükselen piyasalar ve uluslararası finansal sistem; Avrupa Birliği; KOBİ'ler; inovasyon ve bilgi odaklı ekonomi; kapsayıcı büyüme yer almaktadır.
Çok sayıda yayın teşvik ödülü bulunmaktadır. Yurtdışında akademik dergilerinde yayınlanmış çok sayıda makale ve kitap bölümleri yer almaktadır.