Bekaroğlu, 1954 yılında Rize'nin Fındıklı ilçesinde doğdu. Yüksek öğrenimini Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde gördü. Ardından Erzurum Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde psikiyatri uzmanlığı yaptı. İngiltere'deki Aston Üniversitesi'nde misafir araştırmacı olarak çalıştı.
1987-1999 yılları arasında Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde öğretim üyeliği görevinde bulundu. Akademik kariyerini psikiyatri anabilim dalı başkanıyken sonlandırdı.
Refah Partisi'nden 21. Dönem Rize Milletvekili seçilerek siyasete atıldı. TBMM'de İnsan Hakları İnceleme Komisyonu üyeliğinde bulundu.
RP'nin Anayasa Mahkemesi tarafından kapatılmasının ardından bu partinin devamı olan Fazilet Partisi'ne geçti. FP'nin kapatılması sonrasında, politikaya FP'nin devamı olarak kurulan Saadet Partisi'nde devam etti. SP'den genel başkan yardımcılığı görevinde iken istifa etti. CHP'den ayrılan sosyal demokrat Ertuğrul Günay ile birlikte, "Yeni bir siyaset" adını verdikleri, Kamuoyunda "Müslüman sol" olarak adlandırılan hareketi kurdu.
2009 yerel seçimlerinde SP'den İstanbul Büyükşehir Belediye başkanı adayı olarak aktif siyasete dönüş yaptı. Fakat belediye bakanı seçilemedi.
Ekim 2010'da Saadet Partisi'nden istifa ettikten sonra Numan Kurtulmuş başkanlığında kurulan Halkın Sesi Partisi'nin kurucularından biri oldu. HAS Parti Genel Başkan Yardımcısıdır.
Şu an Doğu Konferansı adlı hareketin başkanlığında bulunup genel yayın yönetmenliği Cem Somel tarafından yürütülen Doğudan adlı derginin sahibi ve yazı işleri sorumlusu ve Fikir Zamanı adlı haber sitesinin yayın danışma kurulu üyesidir.
