2 Mart 1960'ta doğdu. Babasının adı Talat, annesinin adı Sevinç'tir. Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesini bitirdi. Gülhane Askeri Tıp Akademisi Tıp Fakültesi'nde ortopedi ve travmatoloji uzmanlığını aldı. GATA Tıp Fakültesinde 1995 yılında doçent oldu. Eğirdir Kemik Hastalıkları Hastanesi ve Afyon Kocatepe Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesinde Başhekim olarak görev yaptı.
2000 yılında Süleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fakültesine profesör olarak atandı ve Araştırma Uygulama Hastanesi Başhekimliğine getirildi. 2004-2011 yılları arasında Süleyman Demirel Üniversitesi Rektörlüğü görevini üstlendi. Uluslararası Üniversiteler Birliğinin (UNESCO) 2008 yılı yönetim kuruluna ilk ve tek Türk rektör olarak seçildi. 2010 yılında Azerbaycan Odlar Yurdu Üniversitesinden fahri doktora payesi aldı. Yurt içi ve dışında yayınlanmış 200 kadar makale ve bildirisi ile 7 kitabı bulunmaktadır.
Çok iyi düzeyde İngilizce bilen Baydar, evli ve 2 çocuk babasıdır.
