1974 yılında Trabzon'da dünyaya gelen Aksoy, Karadeniz Teknik Üniversitesi'nde Mühendislik Fakültesin İnşaat Mühendisliği Ulaştırma Dalı'nda eğitim vermektedir. Ulaşım Mühendisliği ve karayolları üzerine araştırmalar yapmaktadır.
İlkokulu ve ortaokulu Yomra Özdil Köyü'nde okuyan Atakan Aksoy, 1990 yılında Trabzon Affan Kitapçıoğlu Lisesi'nden mezun olarak aynı yıl Karadeniz Teknik Üniversitesi (KTÜ) İnşaat Mühendisliğini kazandı. KTÜ'de 1994 yılında lisans, 1997 yılında yüksek lisans ve 2001 yıllarında da doktora eğitimlerini tamamladı.
1994 yılında KTÜ Gümüşhane Mühendislik Fakültesi İnşaat Mühendisliği Bölümü Ulaştırma Anabilim Dalı'na araştırma görevlisi olarak atandı. Ardından Gümüşhane Mühendislik Fakültesi bünyesinde 2002 yılında Yardımcı Doçent, 2009 yılında da doçent olarak atandı.
2011 yılında Gümüşhane Üniversitesi Doçent kadrosundan istifa etti ve Trabzon'da yeni kurulan Avrasya Üniversitesi bünyesine katıldı. 2011-2014 yılları arasında Avrasya Üniversitesi'nde çalıştı. Bölüm Başkan Yardımcılığı, Bölüm Başkanlığı, Rektör Danışmanlığı, Yapı Denetim Komisyon Başkanlığı, Ulaşım Uygulama Araştırma Merkez Müdürlüğü görevlerini yürüttü.
DLH Koordinasyonunda demiryolu projeleri fizibilite etütlerinde çalıştı. Trabzon'da kurulmuş bulunan Doğu Karadeniz İlleri Hizmet ve Kalkınma Birliği Başkanlığı bünyesinde Turizm ve Çevre Altyapısı Koordinatörlüğü görevlerinde bulundu. Karayolu mühendisliği konularında uzmanlaşan Doç. Dr. Atakan Aksoy, Kireç Sanayicileri Derneği'nin danışmanlığını yürüttü.
Uluslararası Karayolu Uzmanları ile sönmüş kireç katkılı asfaltlar konusunda KGM ve İSFALT kuruluşlarına konferanslar verdi. Avrasya Üniversitesi bünyesinde Kalkınma Ajansı projesi alarak tamamladı ve Ulaşım laboratuvarının kurulmasına katkıda bulundu.
Doğu Karadeniz Bölgesi gündemlerinden olan uzun tünel uygulamaları, lojistik merkezler, demiryolu konularında önemli çalışmalar yürüterek bu çalışmalarını kamuoyuyla paylaştı. Döner sermaye danışmanlık projeleri yürüttü.
Trafik mühendisliği konularında konferanslar verdi. Şu an bir özel sektör firması ile sanayi destek projeleri konusunda çalışmaktadır. İnşaat Mühendisleri Odası ve Yollar Türk Milli Komitesi üyesi olan Prof.Dr. Atakan Aksoy, İngilizce bilmektedir.
Evli ve iki çocuk babasıdır. Atakan Aksoy, 31 Mart 2019 yerel seçimlerinde İYİ Parti Trabzon Büyükşehir Belediye Başkan adayı oldu.
