İlk maçına 17 Ekim 1990’da Amerika Birleşik Devletleri karşısında çıkan Hırvatistan Milli Takımı, ilk defa 1996 yılında katıldığı Avrupa şampiyonasında Çeyrek final oynama başarısı göstermiştir. 1991 yılında Yugoslavya’dan ayrılarak bağımsızlığını ilan eden Hırvatistan, 1993 yılında FIFA ve UEFA üyesi olarak turnuvalarda oynama hakkını elde etmiştir.

2016 Avrupa Futbol Şampiyonası elemelerinde, İtalya,Norveç, Bılgaristan, Azerbaycan ve Malta ile H grubunda mücadele etmiş, 6 galibiyet 3 beraberlik ve 1 yenilgi ile İtalya’nın arkasından ikinci olarak finallere katılma hakkı elde etmiştir. Azerbaycan karşısında aldığı 6-0 galibiyet, 2016 Avrupa Şampiyonası elemelerinde aldığı en farklı galibiyettir.

1996 Avrupa Futbol Şampiyonası’ndan sonra katıldığı 1998 Dünya Kupası’nda üçüncü olan Hırvatistan Milli Takımı, bugüne kadar katıldığı 6 Avrupa Şampiyonası elemesinden beşinde finallere gitmeyi başardı. 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası’nda da çeyrek final maçında Türkiye Milli Takımı’na penaltılarla elenmiştir.